病菌以分生孢子和菌絲體在種子上或病殘體上越冬，第二年棉籽發病後侵入幼苗，以後在病株上產生大量分生抱子，病菌隨風雨或昆蟲等傳播，形成再次侵染。温度和濕度是影響發病的重要原因。若苗期低温多雨、鈴期高温多雨，炭疽病就容易流行。整地質量差、播種過早或過深、栽培管理粗放、田間通風透光差或連作多年等，都能加重炭疽病的發生。
病菌以分生孢子在棉籽短絨上越冬，少數以菌絲體潛伏於棉籽種皮內或子葉夾縫中越冬，種子帶菌是重要的初侵染源。然後，病部產生分生孢子借風雨、昆蟲及灌溉水傳播。棉鈴染病病菌侵入棉籽。發病的葉、莖、葉落入土中，造成土壤帶菌，引起苗期發病、又可經雨水衝濺侵染棉鈴，引起發病。
病菌致病温度較低，棉花苗期遇到連續陰雨、低温的氣候條件，發病嚴重。長江流域棉區棉花苗期多雨、春寒，因此炭疽病重於黃河棉區。土壤水分過多，危害加劇；濕度低下則不利發病。連陰雨的情況下往往導致温度下降，不利棉苗生長，易導致病害流行。
