南方地區多以分生孢子在葱類作物上輾轉危害。北方寒冷地區以菌絲體在寄主體內或病殘體上越冬後，產生分生孢子，借氣流、雨水傳播，經氣孔、傷口侵入。發病條件為温暖多濕，低於12℃則不發病。葱薊馬刺吸的傷口是病菌侵入的門户，故此，薊馬嚴重發生的地段，此病也較重。
洋葱紫斑病病菌借氣流、雨水傳播，經氣孔、傷口侵入。發病條件為温暖多濕，低於12℃則不發病。薊馬刺吸的傷口病菌易侵入，薊馬嚴重發生的地段，此病也較重。
洋葱紫斑病在北方寒冷地區以菌絲體在寄主體內或隨病殘體在土壤中越冬，翌年產出分生孢子，借氣流或雨水傳播，經氣孔、傷口或直接穿透表皮侵入，發病適温25—27C，低於12℃則不發病，病菌產孢需濕度高，萌發和侵入需有水滴存在，因此温暖多濕的夏季發病重。此外，沙質土、旱地、老苗、缺肥或薊馬為害重的地塊發病重。
