一、及時排除沼氣池、管道、用具和發酵方面的故障。最常見的故障是漏氣、漏水、堵塞和水阻及返酸等。
1、漏氣的表現是正常使用的沼氣池突然發現壓力下降，或者長時間不用氣而沼氣的壓力卻不高，或者到一定壓力後就不再上升。可以檢查沼氣池的進出料口，攪動後如果有氣體產生，説明發酵正常，是漏氣的原因。
2、沼氣池漏水漏氣同輸氣管道漏氣一樣，當沼氣壓力下降或不上升時，應檢查輸氣管道是否漏氣或沼氣池是否漏氣或漏水。
3、堵塞的表現是沼氣壓力錶反應的壓力很高，但燈不亮或爐火小，開關打開後壓力下降很多。堵塞一般發生在沼氣池出氣導管、開關和燈、爐具的噴嘴。
4、水阻是輸氣導管中的冷凝水太多造成的，打開開關後，壓力錶水柱上下跳動很厲害，爐火時大時小，嚴重時能聽到水阻的呼呼聲。
5、沼氣發酵德操故障是不產氣，進出料口攪動沒有氣泡。產生的原因是有毒物質進入沼氣池或者加入過多酸性或鹼性物質。有毒物質誤入沼氣池就只好將料全部換掉，重新進料，重新接種。如酸性過多，則可加些石灰，再加接種物。
二、學會科學用氣。要學會調節燈、爐具的風門。爐火必須白焰藍帶白色，火苗短促有力，燈必須白熾快。如果調節不到最佳位置，則可能是噴嘴過大，應及時更換，以免影響效果。
三、嚴格遵守安全操作規程。例如，不得在沼氣池上用火；室內發現漏氣應開門窗通風，不得開燈和用火，防止爆炸和火災；人要進入沼氣池內必須先通風，先用活禽畜放入做試驗後再入池，防止窒息；進出料口加蓋防止人畜跌入沼氣池等等，都必須嚴格遵守。
