莖的區別：大薊所有莖枝有條棱，被稠密絨毛和多細胞長節毛；小薊幼莖被白色蛛絲狀毛，有棱。
葉的區別：大薊基生葉大，全形卵形、長倒卵形等；小薊基部楔形，通常無葉柄。
花的區別：大薊頭狀花序直立；小薊頭狀花序單生莖端。
果的區別：大薊瘦果壓扁，偏斜楔狀倒披針狀；小薊瘦果淡黃色，橢圓或偏橢圓形。
一、大薊和小薊莖的區別
1、大薊
大薊是多年生草本植物，塊根紡錘狀或蘿蔔狀，直徑達7毫米。莖直立，高30~80釐米，分枝或不分枝，所有莖枝有條棱，被稠密或稀疏的多細胞長節毛，接頭狀花序下部灰白，被稠密絨毛和多細胞長節毛。
2、小薊
小薊是多年生草本植物，地下部分大於地上部分，有長根莖。莖直立，幼莖被白色蛛絲狀毛，有棱，高30~80釐米，基部直徑3~5毫米，有時達1釐米，上部有枝，花序分枝無毛或薄絨毛。
二、大薊和小薊葉的區別
1、大薊
大薊基生葉大，全形卵形、長倒卵形、橢圓形或長橢圓形，長8~20釐米，寬2.5~8釐米，羽狀深裂或全裂，基部漸狹成短或長翼柄，柄翼邊緣有針刺和刺齒。所有莖葉兩面同色，綠色，兩面沿脈有稀疏的多細胞長或短節毛或幾無毛。
2、小薊
小薊基生葉和中部莖葉橢圓形、長橢圓形或橢圓狀倒披針形，頂部鈍或圓形，基部楔形，有時有極短的葉柄，通常無葉柄，全部莖葉兩面同色，綠色或下面色淡，兩面無毛，極少兩面異色。
三、大薊和小薊花的區別
1、大薊
大薊頭狀花序直立，總苞鍾狀，總苞片約6層，覆瓦狀排列，向內層漸長，外層與中層卵狀三角形至長三角形，頂端長漸尖，有長1~2毫米針刺，內層披針形或線狀披針形，長1.5~2釐米，寬2~3毫米，頂端漸尖呈軟針刺狀，所有苞片外面有微糙毛並沿中肋有粘腺。小花紅色或紫色。
2、小薊
小薊頭狀花序單生莖端，或植株含少數或多數頭狀花序在莖枝頂端排成傘房花序，總苞卵形、長卵形或卵圓形，直徑1.5~2釐米。總苞片約6層，覆瓦狀排列，向內層漸長，外層與中層寬1.5~2毫米，內層和最內層長橢圓形至線形，中外層苞片頂端有長不足0.5毫米的短針刺，內層和最內層漸尖，膜質，短針刺。小花紫紅色或白色。
四、大薊和小薊果的區別
1、大薊
瘦果壓扁，偏斜楔狀倒披針狀，長4毫米，寬2.5毫米，頂端斜截形。冠毛淺褐色，多層，基部聯合成環，整體脫落，冠毛剛毛長羽毛狀，長達2釐米，內層向頂端紡錘狀擴大或漸細。花果期爲4~11月。
2、小薊
小薊瘦果淡黃色，橢圓形或偏橢圓形，壓扁，長3毫米，寬1.5毫米，頂端斜截形。冠毛污白色，多層，整體脫落，冠毛剛毛長出羽毛狀，長3.5釐米，頂端逐漸變細。花果期爲5~9月。
