化學防治:噴施50%多菌靈可溼粉500倍液或50%速克靈可溼性粉劑1500倍液噴施2次，間隔7－10天。要對田間、地頭、田埂、水渠、路旁等處同樣噴施，以殺死菌核病子囊盤。
油菜菌核病的治理策略是以種植抗（耐）病品種爲基礎，結合清除菌源、改進栽培管理措施、適時化學防治，如速克靈，撲海因，紋枯劑，五氯硝基苯等
防治油菜菌核病可畝用80%多菌靈100-120克或25%咪鮮胺50-60克；防治油菜霜黴病、黑斑病可選用75%百菌清畝用150—200克；防治油菜蚜蟲可用25%噻蟲嗪畝用6-8克，兌水30kg均勻噴霧，重點噴在油菜中下部。
38%惡霜菌酯水劑800倍液或41%聚砹嘧黴胺1000倍液、30%甲霜惡黴靈2000倍液、50%撲海因可溼性粉劑1500倍液、50%農利靈可溼性粉劑1000倍液、50%甲基硫菌靈500倍液。
有目的地創造有利於植物生長結果的環境條件，採用先進科學的農業培管措施，增強長勢，提高抗性；同時創造不利於病蟲害發生發展的抑制條件和減輕病蟲草害危害的程度。這是最經濟、最基礎的防治措施。
油菜菌核病可以使用咪鮮胺、使百克等特效藥來進行防護治療，而咪鮮胺的最佳用藥時期是油菜花的盛花期，除了使用以上特效藥外，還可以在種植前進行農業防治，也就是培育抗病品種，對種子表皮進行菌核消除，從根源防治。
