山藥分叉是因爲種薯在生長前期其生長點受抑制或受損，不能正常分化；而在生長後期新根旺發，刺激多個生長點分化形成分叉。分叉形成的原因很多，主要原因一是使用除草劑、膨大素方法不當，抑制生長點，造成分叉。二是夏季高溫、乾旱，土壤溫度過高，灼傷生長點，造成分叉。三是澆水時間不對。夏季晴天中午(11點至15點)澆水，土壤溫度迅速降低，會傷害生長點，形成分叉。四是施用未腐熟的有機肥，因其在田間發酵產生熱量，傷害山藥生長點，形成分叉。還有如果栽植前化肥未能充分與土壤混勻，使栽子與化肥直接接觸，生長點被燒壞。另外地下害蟲咬食、截斷生長點，也會造成分叉。
預防措施如下：一、選擇適合在山藥上應用的、適量的除草劑、膨大素和農藥，切忌盲目用藥或任意加大劑量。二、夏季避免在最熱的時間澆水，土壤墒情差時，隨早晨整地適當澆灌土地，補足水分。三、適量使用化肥，並且不要直接施在種植溝內，施肥時應注意合理搭配，平衡施肥，多施用腐熟的有機肥，同時適當增施高科技生物菌肥，改善土壤環境。三、防治病蟲害，採用輪作換茬、山藥栽子提純復壯、噴灑農藥等措施減少病蟲危害。
