番茄砧木的選擇應該考慮其生長特性。一些常見的砧木品種包括番茄的近緣種、番茄的同屬植物和番茄的野生種。比較受歡迎的砧木品種有：番茄的近緣種如茄子、辣椒、馬鈴薯等；番茄的同屬植物如薯蕷、茄子苗等；番茄的野生種如山番茄、野生番茄等。這些砧木品種在嫁接時可以表現出較好的親和性，使得嫁接後的植株能夠更好地生長和發展。
番茄砧木的選擇還應該考慮其對不同病蟲害的抗性。不同的砧木品種對病蟲害的抵抗性有所差異，選擇抗病性較強的砧木品種可以有效地控制番茄生長過程中可能出現的病蟲害問題，提高番茄的產量和質量。一些常見的抗病性較強的砧木品種有：番茄的近緣種如辣椒、茄子等；番茄的同屬植物如薯蕷、茄子苗等；番茄的野生種如山番茄、野生番茄等。
番茄砧木的選擇還應考慮其對環境適應性的要求。不同的砧木品種對環境的適應性也有所差異，選擇適合當地氣候和土壤條件的砧木品種可以提高番茄的生長和產量。例如，在寒冷地區選擇適合寒冷氣候的砧木品種，能夠增加番茄的抗寒能力，提高其在低溫環境下的生存率。
