種子是傳播病害的是病害發生重要途徑之一，許多西瓜病害可以通過種子傳播，因此，在播種前必須對其進行消毒滅菌處理。
1、強光曬種：在春季，選擇晴朗無風天氣，把種子攤在席上或紙上，厚度不超過1釐米，使其在陽光下曝曬，每隔2小時左右翻動一次，使其受光均勻，陽光中的紫外線和較高的溫度，對種子上的病菌有一定的殺傷作用。曬種時不要放在水泥板、鐵板或石頭等物上，以免影響種子的發芽率。曬種除有一定的殺菌作用外，還可以促進種子的後熟，增強種子的活力，提高發芽勢和發芽率。
2、高溫燙種：在兩個容器中分別裝入等量的冷水和開水，水量爲種子量的3倍，先把選好的種子倒入開水中，迅速攪拌3—5秒鐘，立即將另一容器中的冷水倒入，並不斷攪拌至30℃左右，在室溫下浸種3—4小時，可殺死種子表面的病原菌。燙種時注意時間短速度快，以免影響種子芽率。
3、溫湯浸種：將種子放入55℃的溫水中，不斷攪拌15分鐘，然後使其自然冷卻浸種4—6小時。55℃爲病菌的致死溫度，浸燙15分鐘後，基本上可殺死附在種子上的病菌、病毒，可預防西瓜花葉病毒病。在沒有溫度計的情況下，可用2份開水對入1份冷水，將手伸入水中感到燙手，但又能忍受，這樣的溫度爲55℃左右。
4、藥劑消毒：將可能帶有病菌、病毒的種子，浸入能殺死病菌的藥液中，這是最有效的種子消毒方法之一。
①磷酸三鈉浸種法：用10%的磷酸三鈉溶液，浸泡西瓜種子20分鐘，撈出後在水中清洗乾淨，除去種子表面的藥液，可以鈍化種子所帶病毒，對西瓜的花葉病毒病預防效果較好。
②代森銨浸種法：先將50%的代森銨水劑配成500倍的藥液，放入西瓜種子浸泡0.5—1小時，然後取出用清水沖洗乾淨。
③漂白粉消毒法：配成2—4%的漂白粉溶液，將西瓜種子浸泡半個小時，撈出後用清水沖洗乾淨，可以殺死種子表面的細菌。
④多菌靈浸種：用50%的多菌靈可溼性粉劑配製成500倍的藥液，使西瓜種子在其中浸泡1小時，取出後沖洗一下，可以預防炭疽病。
⑤抗菌劑401浸種：將種子放入用10%的抗菌劑401配製的500倍藥液中，浸泡30分鐘撈出，可殺死種子上帶有的枯萎病菌、炭疽病菌等。
⑥其他藥劑：40%福爾馬林水劑150倍液，浸種30分鐘，可預防枯萎病和蔓枯病；硫酸鏈黴素100—150倍液（必須用蒸餾水稀釋），浸種10—15分鐘，可預防炭疽病和細菌性角斑病。
