如果是低溫乾燥環境儲存，棉花種子的儲存時間長達10年以上。如果是高溫、高溼環境儲存，棉花種子在存放數個月過後，就有可能失去活力。
一、棉花種子儲存時間
1、如果是在低溫乾燥條件下，棉花種子的儲存時間可達10年以上。如果存放種子處的空氣溼度以及溫度較高，則棉花種子容易變質，在存放數個月過後，就會失去活力。
2、棉花種子屬於長壽命種子，因為飽滿成熟棉花種子的種皮結構緻密而堅硬，外表有一層蠟質，可以減小外界氣溫、溼度所帶來的不利影響，除此之外，棉花種子的種皮內含有7.6%鞣酸物質，具備一定的抗菌作用。
二、影響棉花種子儲存時間的因素
1、種子水分含量：棉花種子中所含水分越多，則種子呼吸作用越強，貯藏物質分解速度越快，種子活力也就喪失的越快。因此儲存棉花種子時需要嚴格把控種子水分含量，如果是北方地區，種子水分含量不得超過12%；如果是南方地區，種子水分含量不得超過11%；如果是長期貯存，種子水分含量不得超過10%。
2、溫度：在低溫環境下，種子細胞內的代謝活動水平極其低下，營養物質以及能量消耗較少，細胞衰老程序緩慢。因此儲存棉花種子時，需要將種子溫度控制在15℃以下。
3、溼度：隨著空氣溼度的增加，種子含水量也相應增加，同時種子內的水解酶以及呼吸酶的活性更加旺盛，導致種子更加容易喪失活力。因此在儲存棉花種子時，需要調控好倉庫內的溼度，當外界溫度、溼度均低於倉庫內部時，通風降溫、散溼；當外界溫度和倉庫內部溫度保持一致，而倉庫內部溼度高於外界溼度時，通風降溼。
4、種子質量：一般選擇飽滿成熟的霜前棉花種子入庫貯存。
