再利用栽培雞腿菇栽培草菇、平菇、香菇、木耳、蘑菇等配種的廢料，只要菌絲生長較好，培養料未被雜菌汙染，均可將其晒乾整碎後新增30%到新原料中栽培雞腿菇，其效益相當可觀。
加工成菌糠飼料食用菌廢料中仍有大量的菌絲存在，而菌絲中含有大量的蛋白質和多種氮基酸未被利用。將那些菌絲生長潔白，培養料未被汙染的原料及時晒乾後粉碎，新增10%左右到飼料中餵豬、雞等畜禽動物，同樣可取得降低養殖成本，提高效益的目的。
用作林果業、農作物、花卉種植的肥料種菇後的各種原料是一種優質的有機菌肥。如在蘋果等果園內進行環狀抽槽，溝槽深50釐米，把食用菌肥料深施後掩埋，可起到改良果園土壤、提高水果品質、增產增收的效果。而且肥效持久，經濟實惠。也可做棉花花蕾肥，紅薯、洋芋的基肥，可顯著提高產量。在花卉種植中，把食用菌廢料與肥土混合後堆積自然發酵，用作花卉苗圃、花盆的養花基肥，對花卉的土壤結構、通氣性、保水持水能力大有改善，長出的花草枝繁葉茂，花朵豔麗，且成本極低。
用作滅菌燃料凡屬袋栽的菌類品種，如平菇、香菇、木耳、金針菇、銀耳、靈芝等，將出菇後的廢菌筒晒乾收藏，再用來做生產菌種和熟料栽培時的滅菌燃料。
菇棚的加溫燃料我國北方，冬春季節自然溫度低，塑料大棚若不輔於升溫措施很難出菇，可以將升溫設施加以改造，燃燒廢料來提升塑料大棚內的溫度。
