小麦苗期病虫害以防为主，每公顷用12.5%烯唑醇可湿性粉剂300克或或50%的多菌灵可湿性粉剂1125克加1.8%阿维菌素乳油150-300毫升加2.5%高效氯氰菊酯乳油150-225毫升再加10%吡虫啉450-600克或25%吡蚜酮可湿性粉剂240-300克，兑水450公斤，均匀喷雾，可同时防治小麦，根腐病、纹枯病、白粉病、锈病、蚜虫、红蜘蛛、灰飞虱等多种病虫害。
小麦根腐病，是真菌性病害，易防难治，应以预防为主，发现病株后及时用药。可以在发病初期，可以用络氨铜，氯溴异氰尿酸，甲霜恶霉灵，咯菌腈或者枯草芽孢杆菌加生根剂灌根。播前选用井冈霉素、多菌灵、戊唑醇等杀菌剂拌种，可以有效预防根腐病的发生。
