土元的敵害有很多，如老鼠、螞蟻、粉蟎、蜘蛛、雞、鴨、貓等。
老鼠的防治應隨時注意，它不僅吃土元，還搬走土元，損失會很大，要用鼠藥或養貓，但用藥時要嚴防土元誤食。
螞蟻雖小，但不可小視，它們的羣體很大，也會造成大害。平時要注意房舍的密封，一旦有螞蟻出現可用最新的氯丹油驅趕，或用骨頭、油條、肉類殘渣等誘殺。
粉蟎主要是由平時餵食不當產生的，所以餵食時要注意適量，最好不要有剩食，温度高時剩食要及時撿出，動物性飼料要熟喂，也可用噴治蜂蟎的蜂蟎靈噴灑，有一定的殺滅作用。或用炒菜水沾過的濕報紙、骨頭、魚、油條等放在土表面誘殺，每隔1～2個小時引一次，直到引完為止。因為粉蟎在土表面，也可將表面的一層土換掉。
蜘蛛對土元的危害不是很大，但出現蜘蛛時也要隨時消滅，不然土元有可能被吊食。
雞、鴨、貓等動物只要加強房舍密封措施，不讓其進入是沒有什麼危害的。
