內服消毒
飼餵魚精料時，除無黴無毒外，還可製藥餌讓魚服食。方法是每100千克草魚，每10天用生大蒜1千克加食鹽0.5千克，搗爛後加人10～20千克精飼料喂服，或用磺胺胍粉10～20克與0.5千克飼料拌勻後飼餵。以上兩法都可有效地預防草魚腸炎病的發生。
食場消毒
要經常打撈食場的殘渣剩餌，並每隔5天，用100～150克漂白粉或2.5～5千克生石灰加水溶化後，均勻潑灑於食場水面(未溶於水的漂白粉或生石灰顆粒都不要投入，以免草、鯉魚當作餌料攝食後致死)。二是長期用藥物掛袋(簍)，每袋中裝漂白粉100～150克或生石灰1.5～2.5千克，20天左右換藥1次，每天每個食場掛袋(簍)2～3個。
池水消毒
每間隔半月左右，按每畝水面水深1米，用生石灰20～25千克或漂白粉0.6千克溶水全池潑灑。池水長期浸泡苦楝樹枝葉或樟樹枝葉，也可預防草魚出血、爛鰓、腸炎病的發生，每畝水面浸泡25～40千克。
