食藥用菌同衆多的農產品一樣都有着各自的最佳成熟期，如採收過早或過晚都會直接影響其產品的品質和產量，因此，適時地科學採收食藥菌品，對於提高其經濟效益起着至關重要的作用。下面就將黑木耳、靈芝、猴頭菌的科學採收與加工方法分別介紹如下，供您在生產中參考、選用。
一、黑木耳
正常管理30天左右，耳片已充分展開，達到生理成熟，即可採收。採收時要將一個菌袋上的所有木耳一次性全部採下，採下的木耳將根部清理乾淨後，可攤放於架起的沙網或草簾上晾曬至幹。第一茬採收後氣溫如還在20℃左右，可按第一次的管理方法管理，可望採收第二茬。
二、靈芝
靈芝菌柄長出袋口，條件適宜時，很快形成菌蓋。靈芝子實體生長初爲白色，後變爲黃色，經過2個月－3個月就爲紫色、褐色或紅色。當菌蓋邊緣不再生長(邊緣無淡黃色圈)時，菌蓋下端子實層內長出棕紅色孢子時，子實體己成熟，即可採收。採收前應注意收集子實體放出的孢子，以便生產孢子粉。採收時手捏菌柄，輕輕擰下，然後剪去菌柄下端帶有培養基的部分，及時烘乾或曬乾。
三、猴頭菌
(一)採收
當猴頭子實體長滿刺毛，開始彈射孢子時，要及時採收，過遲會使子實體有苦味。採收的方法，用彎形利刀從柄基割下即可。採割時，菌腳不宜留得過長，太長易於感染雜菌，而且也影響第二茬猴頭菌的生長。但也不能損傷菌料，一般留菌腳lcm左右爲宜。
(二)加工
採收的猴頭菌，可以鮮銷，也可曬乾、烘乾或鹽漬貯存。
1.曬乾：將採收的鮮猴頭菌，切去菌蒂部分，排放於竹簾上，置烈日下曝曬，先將切面朝上曬一天後，再翻轉過來晾曬至幹。
2.烘乾：將採收的鮮猴頭菌，風乾1天－2天后，按大小分別烘烤。烘烤溫度從40℃漸提高到60℃，直至烘乾。幹品含水量爲10％－13％，並要求保持菌刺完整，待冷卻及時分裝於塑料袋密封保藏。
3.鹽漬：將採收的新鮮猴頭菌，切去有苦味的菌柄，用清水漂洗，除去灰塵，放入0.1％檸檬酸水中煮沸10分鐘，撈出再放入清水中冷卻。淋水後，加入25％(按猴頭重量)的精鹽，層層加鹽，儲於池中或包裝桶中，7天時倒入池或桶中一次並加足飽和鹽水(即每50公斤水17.5公斤鹽，熬開後冷卻爲飽和鹽水)，並有1cm－2cm厚鹽封口。
