小麦根腐病用枯草芽孢杆菌药剂效果较好。
小麦根腐病用三唑酮、丙环唑、多菌灵、苯醚甲环唑、代森锰锌、扑海因、福美双、退菌特等药防治。
可以用恶霉·甲霜灵、丙环唑、苯甲丙环唑+生根剂+叶面肥喷淋防治，间隔5-7天再喷淋一次。在发病初期可以喷施20%三唑酮乳油2000倍液，或25%敌力脱乳油1500倍液喷雾。7-10天后再喷1次，进行防治。
小麦在冬春季要认真做好清沟沥水。
防治小麦根腐病可喷洒70%代森锰锌或50%福美双可湿性粉剂500倍液或20%三唑酮（粉锈宁）乳油或15%三唑醇（羟锈宁）可湿性粉剂2000倍液、25%敌力脱乳油2000-4000倍液，以上药剂进行交替使用，防治效果极为显著。
