孵化後的錦鯉仔魚，飼養了20天至1個月左右，魚體長到3釐米左右時，就要進行挑選，挑選的目的，就是為了去劣留優，強化生長速度，以達到保護遺傳性狀的效果，因此，挑選幼魚是飼養過程中獲得優質錦鯉的最重要的一個環節。一般挑選工作是在孵化後的3個多月期間內進行3～4次挑選。挑選因品種的不同、生長速度的快慢和出現斑紋的早晚而挑選的時間也有差異。
例如，昭和三色錦鯉在孵化兩個多星期時就可以進行挑選；黃金系統錦鯉則為50天可以開始挑選；而紅白系和大正三色系統的錦鯉，為60天左右才可以開始挑選。總之，幼魚需生長到體長3～5釐米時挑選才能開始。挑選的要點是：首先去掉畸形、色彩不鮮豔的魚。還要依照花紋的生長狀況和質量好壞的標準進行挑選，如紅白系錦鯉，紅斑紋顏色淡的，應淘汰；黃金系錦鯉，頭部無光澤、鱗片覆蓋不好、魚體雜斑多、胸鰭生長不好的，均應淘汰。
錦鯉在餵養過程中淘汰率比較高，若l尾親魚一般產卵20萬～40萬粒，孵化後經過數次挑選，最後只能留下約5000尾大魚。據有關資料介紹，親魚產卵10萬粒，經4～5日的孵化後，獲仔魚6萬～7萬尾；再經20天的餵養可獲得體長2釐米的幼魚3萬尾；至7月份經第1次挑選，留強去弱，只留下1.6萬尾；再經過第2次挑選或日常餵養中淘汰，則只能留下5470尾魚；至11月越冬時，只有魚3600尾；滿1年時，就只能留下精壯的大魚2300尾。可見淘汰率之高，真可以説“萬里挑一”。
