在一定温度和濕度條件下，許多黴菌能在飼料原料或成品飼料中大量繁殖，產生一些有致癌作用、細胞毒性或神經毒性的黴菌毒素，其中以黃麴黴素較廣泛存在，且毒性較大。黃麴黴毒素可引起鰻魚肝、腎受損，有致癌、致死作用，但對鰻魚的半致死量(LD50)還未見有報道。由於鰻魚價格較貴，鰻農一般都不會投喂已黴變的飼料.但飼料廠在配料時，要注意所用原料不要受到黃麴黴污染。農藥、聚氯聯苯、原油和烴類是由於農田施藥殘留、化工廠排污、煉油廠冒漏等引起水體污染，這些物質對鰻魚的毒性很大，可引起鰻魚肝腫大，發育異常，有致癌、致死作用。其中有機磷、有機氯農藥均能破壞鰻魚神經系統的正常生理機能，能抑制神經能量的傳遞而封鎖離子的輸送作用。有機氯農藥對鰻魚的直接毒害作用雖然沒有有機磷農藥明顯，但它比有機磷農藥穩定，可在鰻魚體內蓄積，造成嚴重的隱患。
重金屬主要指汞、鉛、鋅、鎘、鎳等，重金屬對鰻魚的危害有外毒和內毒兩種，外毒是與鰓、體表分泌的粘液結合成蛋白質複合物，覆蓋整個鰓和體表，並充滿鰓瓣間隙，使鰓絲的正常活動發生困難，鰻魚窒息而死；內毒是重金屬離子通過鰓及體表進入鰻魚體內，與體內主要酶的催化活性部位中的硫氫基結合成難溶的硫酸鹽，從而抑制了酶的活性，妨礙機體的代謝作用，引起鰻魚死亡。
因此選擇養鰻用水時要注意水質分析，儘量選擇不受污染的水源。同時要保護好水環境，加強全民環保意識。
鰻魚飼料的主原料——魚粉在運輸、貯藏過程中會發生蛋白質分解，產生一系列毒素，如組胺、腐胺、屍胺、酪胺、草丙胺等，對魚類危害很大。現有研究較多的是組胺，組胺是組氨酸的分解產物，是組氨酸在莫根氏變形桿菌、組胺無色桿菌等細菌存在的組氨脱氫酶作用下，脱去羥基後形成的一種胺類物質，鰻魚攝入一定量的組胺後會引起中毒。所以魚粉鮮度的好壞對鰻魚飼料的品質及鰻魚的生長至關重要，可用組胺含量和揮發性鹽基氮(VBN)作為魚粉鮮度的衡量指標，一般鮮度好的魚粉組胺質量濃度100mg/立方分米，VBN＜60×0.00001m/m。
