生物肥料種類很多，過去僅僅作為一種輔助性肥料（因為它本身不含有作物生長所需要的營養元素，而是通過自身微生物的生命活動，改善作物營養條件，比如固定空氣中的氮素，參與養分轉化，促進作物對養分的吸收，分泌各種激素刺激作物根系發育，抑制有害微生物的活動等，以達到促進作物生長的目的），現今生物肥料得以進一步發展，可以提供作物各種養分，如將活的微生物特定種或菌株與微量元素復（混）合而成的生物微肥等。
根據不同種類菌肥的作用不同，將生物肥料分為五大類：一是有固氮作用的菌肥，包括根瘤菌肥料、固氮菌肥料以及固氮藍藻等；二是分解土壤有機物的菌肥，包括有機磷細菌肥料和複合菌肥料；三是分解土壤中難溶性礦物的菌肥，包括硅酸鹽細菌肥料、無機磷細菌肥料等；四是促進作物對土壤養分利用的菌肥，包括菌根菌肥料等；五是抗病及刺激作物生長的菌肥，包括抗生菌肥、增產菌肥等。
