受精卵細胞一一合子經過有絲分裂，形成胚，這時胚乳也迅速發育。
種子生長髮育的同時，果被也在生長。經一週左右，花萼逐步脱落，切開幼果可見幼小胚珠(種子)，呈半透明狀，淺綠色，長1.3毫米，寬0.7毫米。20~25天時，子房室內壁細胞小而密，周圍細胞開始木化，細胞壁加厚，核層正在形成，特別是同果柄、珠柄、至果頂縱向輸導組織細胞加厚，木化旺盛，向種子過度，外珠被綠色(未來的種皮)內珠被正在消失。胚乳乳白色，充滿胚珠，珠心長圓錐形，胚裹位於珠心中央，胚位於胚B中，珠心下方有承珠盤，由珠脊輸導組向發育中的胚供應營養物質。
發育40天左右時，種子形體大小基本確定，種皮呈乳白色，種子內部變化出現飛躍，綠色的子葉開始出現。80~90天時，子葉變成黃綠色，倒卵形，內面葉脈出現，胚根、胚軸、胚芽呈棒狀，白色，種皮逐步變成棕褐色。
棗樹種子不同類型，不同品種生長髮育情況有很大差異。一般栽培品種往往種子發育不良，只有在育種上應用。常規生產常用發育正常的野生種做砧木。
