主要來源於植物和(或)動物，施於土壤以提供植物營養為其主要功能的含碳物料。經生物物質、動植物廢棄物、植物殘體加工而來，消除了其中的有毒有害物質，富含大量有益物質，包括：多種有機酸、肽類以及包括氮、磷、鉀在內的豐富的營養元素。不僅能為農作物提供全面營養，而且肥效長，可增加和更新土壤有機質，促進微生物繁殖，改善土壤的理化性質和生物活性，是綠色食品生產的主要養分。
生物有機肥與化肥相比：
1)生物有機肥營養元素齊全;化肥營養元素只有一種或幾種。
2)生物有機肥能夠改良土壤;化肥經常使用會造成土壤板結。
3)生物有機肥能提高產品品質;化肥施用過多導致產品品質低劣。
4)生物有機肥能改善作物根際微生物羣，提高植物的抗病蟲能力;化肥則是作物微生物羣體單一，易發生病蟲害。
5)生物有機肥能促進化肥的利用，提高化肥利用率;化肥單獨使用易造成養分的固定和流失。
