蝴蝶蘭花期調控期間病蟲害發生相對較少，易發生的病害有灰黴病、煤煙病、疫病等，蟲害有紅蜘蛛、薊馬、蚧殼蟲等，給生產帶來一定的影響。
灰黴病發生時要注意通風透氣，降低環境濕度，可用40%百菌清可濕性粉劑1000倍液噴霧防治：
煤煙病先用75%酒精擦拭，後用40%百菌清可濕性粉劑或25%阿米西達懸浮劑1000倍液噴霧防治：
疫病用70%甲基託布津可濕性粉劑或80%好生靈可濕性粉劑1000倍液噴霧防治。
紅蜘蛛用40%立蟎思乳油3000倍液或20%阿維菌素6000倍液噴霧
防治薊馬、白粉蝨用薊馬靈乳油2000倍，或25%飛蝨寶可濕性粉劑3000倍液，或10%吡蟲啉可濕性粉劑2000倍液噴霧防治;蚧殼蟲用40%速撲殺乳油1000倍液，或速蚧靈1500倍液噴霧防治。
