應該選擇合適的藥劑。據研究，三唑酮以及苯唑環菌素等藥劑對小麥莖基腐病具有顯著的防治效果。此外，還可以選擇含有多種活性成分的複方藥劑，如丙環唑+三唑酮等，以增強防治效果。
應該掌握正確的用藥方法。首先，應該在病害發生前預防性噴藥，以減輕病害的發生。其次，在發病初期和病程中期進行治療，以最大限度地降低病害的危害。最後，在用藥時應該按照藥劑使用説明嚴格掌握用藥量和用藥時機，以免造成藥害。
應該加強田間管理，從源頭上預防病害的發生。首先，應該選擇優質的種子，預防種子攜帶病原菌。其次，要合理施肥，保證小麥植株的生長健康。最後，要加強土壤管理，定期進行翻耕和消毒，以減少病原菌的數量。
