玉米苗變紫一般是因為缺磷所導致，少數雜交苗即便不缺磷也呈紫紅色。
部分雜交品種，幼苗即使缺磷也不會呈紫紅色。
植株缺磷時，株高會比正常植株更矮，這是判斷雜交種玉米是否缺磷的重要依據。
當玉米苗體內的糖代謝受阻，葉片積累較多的糖分時，會產生大量的花青素苷，此時植株也會變成紫色。
一、玉米苗變紫的原因
1、玉米苗變紫色常見的原因是由缺磷而引起的。有極少數雜交種的幼苗即使不缺磷也呈紫紅色。
2、還有個別雜交種就是在缺磷的情況下，幼苗也不表現紫紅色症狀。通常缺磷植株高度低於正常植株，這是判斷雜交種玉米是否缺磷的重要方面。
3、玉米苗變紫色的原因是有非常多種的，正常苗顏色應該為綠色的玉米品種，幼苗顏色發紫，主要是由於體內糖代謝受阻，葉片中積累的糖分較多，並因此形成大量的花青素苷，使植株帶紫色。
4、藥害、蟲害、栽培管理不當等不利於玉米苗生長、會使玉米苗體內糖代謝受阻的因素，都可能導致玉米苗顏色發紫。
二、秸稈還田後為何會導致玉米苗變黃
1、發生原因
（1）秸稈切得不夠細碎，翻壓和整地質量不高，使種子懸空，不可得到足夠的水分和養分。
（2）施肥不合理，沒有額外加施氮肥，或者選用的複合肥氮養分比例較低。
（3）土壤墒情不足，使得秸稈腐爛時，微生物與幼苗爭奪水分。
2、幼苗發紫原因
（1）玉米苗發紫可能是缺磷造成，可適當追施磷肥，如過磷酸鈣，或者噴打葉面肥，如磷酸二氫鉀。
（2）也可能是土壤中有積水，土壤通透性差，玉米根系沒有辦法進行呼吸作用造成，此時需及時排水，同時注意劃鋤，防止出現土壤板結的現象。
（3）還有可能是温度過低造成，可在温度較低時搭建棚膜覆蓋保温。
三、施肥後玉米苗打蔫原因
1、玉米苗出現打蔫是讓尿素分解出的氨氣薰的。
2、由於玉米苗還小，葉片幼嫩靠近地面，而尿素施用量多，且又施在土壤表面上，在高温季節只澆少許的地表水，是不可將顆粒尿素淋溶到土壤深處的，只能將大量尿素溶於地表。
3、石灰性土壤，屬於偏鹼性的土壤，溶解的尿素分子在高温下較快的分解產生大量氨氣和二氧化碳，導致薰苗。
