畜禽無害化處理的方式有很多種，如深埋法、焚燒法、化屍窖法、生物降解法、堆肥法、化製法。其中，深埋法是通過掩埋的方法將病死畜禽屍體及產品等進行處理，焚燒法是將病死的畜禽放在焚燒爐（焚燒窖）中或堆放在足夠的燃料物上，在最短的時間內實現畜禽屍體完全燃燒碳化，以達到無害化的目的，化屍窖法指將病死禽畜沉積在化屍窖中，使其自然腐爛降解。
一、深埋法
1、深埋法，指通過掩埋的方法將病死畜禽屍體及產品等進行處理。深埋的場地一定要遠離居民生活區、畜禽養殖區、水體和水源的地方，覆土後病死畜禽離地面至少要有1-3米深，保證病死畜禽不被野狗等動物扒出來。掩埋後，還要做好消毒殺菌處理。
2、深埋法是處理畜禽病害肉屍的一種常用、可靠、簡便易行的方法，不易產生氣味。在發生疫情時，為了迅速控制與撲滅疫情，防止疫情傳播擴散，或一次性處理病死動物數量較大，最好採用深埋的方法。此法不適用於患有炭疽等芽孢桿菌類疫病，以及牛海綿狀腦病、癢病的染疫動物及產品、組織的處理。
二、焚燒法
1、焚燒法，指將病死的畜禽放在焚燒爐（焚燒窖）中或堆放在足夠的燃料物上，確保獲得最大的燃燒火焰，在最短的時間內實現畜禽屍體完全燃燒碳化，達到無害化的目的。焚燒爐要建在遠離水源和居民生活區的空曠地，且要在居民生活區的下風處。
2、焚燒法可安全徹底處理病死禽畜，僅有少量灰燼，減量化效果顯著。此法比較適合大規模養殖場等企業無害化處理病死畜禽，通常一個養殖業集中的地區可聯合興建病死畜禽焚化處理廠，同時配備若干冷庫集中存放病死畜禽，然後統一由密閉的運輸車輛負責運送到焚化廠進行集中處理。
三、化屍窖法
1、化屍窖法，指按照《畜禽養殖業污染防治技術規範》的要求在地面挖坑，然後採用磚和混凝土結構施工建設密封池，再將病死禽畜沉積在密封池中，使其自然腐爛降解。
2、化屍窖處理法可進行分散佈點，屍體運輸路線短，不僅建造簡單，受外界條件限制少，而且臭味不易外泄，在無大疫病情況下，利用期限較長，一般可利用10年以上。此法適用於養殖場（小區）、鎮村集中處理場所等對批量畜禽屍體的無害化處理。
四、生物降解法
1、生物降解法，指將病死畜禽屍體投入到降解反應器中，利用微生物的發酵降解原理，將病死動物屍體進行破碎、降解、滅菌，以達到減量化、無害化處理的目的。
2、生物降解法是一項對病死動物及其製品無害化處理的新型技術，具有無異味、節能、生態環保、操作簡單、運行成本較低等特點，而且死畜禽經生物發酵處理後，屍體全部分解後會與發酵原料充分混合，生產的生物有機肥或生物蛋白粉是很好的有機肥料，可促進農牧業生產良性循環。
五、堆肥法
1、堆肥法，指將病死畜禽屍體置於堆肥內部，通過微生物的代謝過程降解動物屍體，並利用降解過程中產生的高温殺滅病原微生物，最終達到無害化、減量化、穩定化處理的目的。
2、堆肥法具有低價高效、操作簡單等特點。通過堆肥法無害化處理病死畜禽屍體後，可將其轉化為有機肥，有利於養殖場的自衞防疫，避免病死畜禽屍體隨意丟棄導致屍體腐化而孳生病菌。
六、化製法
1、化製法，指將病死動物屍體投入到水解反應罐中，通過高温、高壓等作用，將病死動物屍體消解轉化為無菌水溶液（氨基酸為主）和幹物質骨渣，同時將所有病原微生物徹底殺滅。
2、化製法具有操作簡單、投資較小、滅菌效果好、處理週期短、不產生煙氣、安全等特點，不過容易產生惡臭氣體（異味明顯）和廢水。此法主要適用於國家規定的應該銷燬以外的因其他疫病死亡的畜禽，以及病變嚴重、肌肉發生退行性變化的畜禽屍體、內臟等。
