棉花出現爛鈴後，會嚴重影響棉花的產量、品質，從而影響棉農的收入和植棉的積極性，因此要認真對待。棉花爛鈴的發病原因主要有：
肥害所致。氮肥施用過量或過遲，造成棉花生長過旺，田間鬱閉，致使棉花植株抗病能力減弱。
濕害所致。當棉花生長進入花鈴期，遭遇暴雨的襲擊，或秋雨過多，田間濕度過大，排水不良，給各種病菌的孳生和侵入營造了極為有利的條件。
病害所致。紅腐病、炭疽病和鈴疫病等病害的發生，是導致棉花爛鈴的重要原因之一。
蟲害所致。當棉鈴遭受棉鈴蟲、紅鈴蟲為主的鑽蛀性害蟲危害以後，所留下的蟲孔是各種病源菌侵入的重要途徑，尤其是在多雨水的年份、田間濕度大時，極易誘發病菌的侵入，導致棉花爛鈴。
防治棉花爛鈴，主要做好六控制：
控制氮肥施用量。在一般情況下，花鈴肥和保桃肥均可施用10公斤/畝左右氮肥為宜。施肥過少起不到保花、保鈴、保桃的作用；施肥過多將會造成棉花植株瘋長、貪青、遲熟，導致爛鈴現象的發生。對於已經重施花鈴肥或無早衰趨勢的棉田，要少施或不施保桃肥，或噴施縮節安、矮壯素等生長調節劑控制其徒長，避免落蕾、落花、落鈴現象的發生。
控制田間濕度。在多雨水的季節，排澇防漬是防治棉花爛鈴的關鍵措施。因此，棉田要做到廂溝、腰溝、圍溝暢通，切實做到雨時水能排，雨後田間無漬水，以營造有利於棉花根系生長髮育，而不利於各種病菌孽生的外界條件。
控制棉株旺長。針對棉枝長勢偏旺的棉田，應結合整枝，分批剪去中下部老葉，對於秋髮瘋長的棉田，要採取開天窗（即中上部的2～3片主莖葉各撕去一半）和推株晾行等補救措施，以改善通風透光條件，預防棉花爛鈴。
控制病害發生。由於棉花爛鈴大多是紅腐病、炭疽病和疫病等病害所致，所以，做好病害的防治工作是預防棉花爛鈴的重要措施之一。藥劑可選用250克/升戊唑醇水乳劑（又名戊安）2500～3000倍液或72%代森錳鋅·霜脲氰可濕性粉劑（霜隱）600～800倍液噴灑。
控制蟲害發生。對於棉花棉鈴蟲、紅鈴蟲為主的鑽蛀性害蟲，應在前期防治的基礎上，採取人工捕捉高齡幼蟲和藥劑防治低齡幼蟲的辦法控制害蟲的發生。其藥劑防治的策略是：噴施三次藥（分別是9月上旬、9月中旬、9月下旬），交替使用三種藥：一是20%蟲酞肼懸浮劑（又名綠潔）1200～2400倍液；二是2.5%高效氯氟氰菊酯水乳劑（又名綠亮）1500～2000倍液；三是25克/升高效氯氟氰菊酯乳油（又名高福）1500～2000倍液均勻噴霧防治。
控制爛鈴長期掛稈。對纖維尚未成熟的爛鈴，應及時搶摘，並將帶有病菌的棉鈴帶出田外集中處理，以減少病源，降低發病率。對棉鈴內的纖維已完全成熟的爛鈴要及時搶摘、及時剝鈴、及時晾曬，以降低經濟損失。
