豬肺疫的臨牀症狀主要包括呼吸系統、生殖系統和免疫系統的損害。在豬隻感染豬繁殖與呼吸綜合徵病毒後，最常見的症狀是呼吸道疾病。受感染的豬隻會出現咳嗽、噴嚏、流涕和呼吸困難等症狀。這些症狀通常會導致豬隻的食慾下降，生長速度減慢，甚至發生呼吸衰竭。一些豬隻可能還會出現肺炎等嚴重併發症，導致死亡率的增加。
除了呼吸系統的症狀外，豬肺疫還會影響豬隻的生殖系統。受感染的母豬可能會出現流產、胎兒畸形和產仔數下降等問題。這些都對養豬業的繁殖效益造成了重大的影響。另外，一些感染了豬繁殖與呼吸綜合徵病毒的母豬還可能會出現產後發熱和乳汁減少等問題，導致對仔豬的護理能力下降。
豬肺疫還會對豬隻的免疫系統造成損害。感染豬繁殖與呼吸綜合徵病毒後，豬隻的免疫功能會受到抑制，這使得它們更容易受到其他病原體的感染。因此，豬肺疫常常伴隨着其他細菌或病毒的二次感染，導致疾病的嚴重程度進一步加劇。
