輪作，水旱輪作，土壤消毒。
棉花的枯萎病用乙蒜素灌根比較理想。
棉花枯萎病，堵塞維管束，一旦發生，很難防治，一般採取輪作，選用抗病品種。
輪作，控制田間濕度，土壤消毒殺菌，藥劑預防。
一是選用抗病良種。二是培育壯苗，提高棉花的抗病能力。三是枯萎病發病高峯期，即6月中下旬現蕾期和8月份花鈴期，每隔7～10天用藥1次，連續用藥3～4次。四是降雨或澆水後形成一次發病高峯，降雨或澆水後及時用藥。五是選用50%多菌靈可濕性粉劑1000倍或70%甲基託布津800倍加腐殖酸類葉面肥混合噴施，控制病害的發展。
棉花枯萎病以但得病很難治好。
防治棉花枯萎病必須從施肥開始。
做好發病後的補救工作。①田間發現零星病株後，應立即拔除集中燒燬，並對病穴及其周圍進行消毒。②嚴重地塊可採用噴霧與灌根相結合的方法。用3％廣枯靈水劑300—500倍液、或用12.5％治萎靈200—250倍液，加磷酸二氫鉀、綠風95進行噴霧，5—7天噴1次，連噴3—4次。灌根，每株用藥液50—100ml，可減輕危害，控制病害蔓延。未發病地塊，應噴灑黃腐酸有機肥或綠風95、磷酸二氫鉀等葉面肥，以提高棉株抗病力，減少發病，7—10天噴1次，連噴2—3次。
