在小麥播種前，可用35%苯甲·咯·噻蟲懸浮種衣劑進行拌種，可有效阻止病菌侵染種子和幼苗，預防根腐病的發生，還可兼治紋枯病、全蝕病、蠐螬、金針蟲、蚜蟲等病蟲，省工省時效果好。
小麥根腐病可以用絡氨銅、甲霜靈、乙蒜百素、枯草芽孢桿菌灌根，每7天一次，連續灌根2-3次。小麥根腐病是一種或多種真菌複合侵染引起的病害，防治時可以選擇抗病品種種植，春小麥選擇龍麥23號、龍輻麥7號等，冬小麥選擇鄭州8915、西農88號、西農881等品種。
防治方法：（1）選育抗病品種。（2）加強栽培防病措施。控制苗期病害的關鍵是適時播種，施足基肥，及時追肥，覆土不宜過深，麥田不連作。（3）藥劑拌種。（4）發病初期，化學防治。
