設施蔬菜（棚室）由於特殊的生態環境和栽培條件，加上換茬頻率和週年利用率較高，一般病蟲害的種類多，發生快，為害重，往往在短時間內可造成災害性損失。因此，對設施蔬菜（棚室）病蟲害應採取各種有效措施加以防治。下面介紹常用的幾種主要方法，供參考。
農業防治法。農業防治途徑多，效果好，符合棚室蔬菜清潔栽培的要求，主要包括以下幾個方面：①選擇適合當地栽培的優質、抗病蟲害品種。②科學施用肥料，有機肥料要充分腐熟，注意氮、磷、鉀的合理搭配，避免過量施用氮肥，蔬菜生長的中後期要增施磷鉀肥和及時補施微量元素肥料，以增強蔬菜的抗病能力。③大力推廣滴灌和膜下暗灌技術，禁止大水漫灌，以降低土壤濕度，促進和確保根系正常發育。④合理密植，根據不同品種，確定合理的種植密度，防止栽植過密，使棚內鬱閉，影響通風透光。⑤採用高壟寬窄行定植，以利提高地温，改善羣體生態條件，增強通風透光能力。⑥實行深耕細作和合理輪作換茬，以阻斷病蟲傳播途徑。⑦注意棚室清潔，在蔬菜生長期及時拔除病株，摘除病葉及老葉；收穫後及時清除棚室內的枯枝爛葉、根茬及雜草等，以有效地減少田間病（蟲源）。⑧嚴格控制温、濕度，優化棚室和株間採光環境，規避病蟲發生條件等。
土壤殺蟲（菌）法。土壤殺滅法是防治土傳病（蟲）害的主要措施之一。根據常年病蟲害發生規律，有針對性地選用合適的藥劑加適量的細土拌勻，均勻撒施地表，然後翻耕入土進行土壤殺蟲。苗牀消毒可採用上鋪下蓋的方法進行，要注意保持牀面表土濕潤，以免發生藥害。主要方法有：①噴淋或澆灌殺滅法。將藥劑用清水稀釋成200到300倍液，用噴霧器均勻噴淋於土壤表層或直接灌到土壤中，使藥液滲入土壤深層，殺死土中病菌。②毒土殺滅法。先將藥劑配成毒後施用，毒土配製方法是將農藥（乳油、可濕性粉劑）與有一定濕度的細土按1：50～1：80的比例混勻製成。常用藥劑同噴淋法一樣，毒土施用法有撒施、溝施、穴施。③太陽能殺滅法。方法是作物收穫後，連根拔除老株，同時施入腐熟的家畜糞等有機肥料，平整好土壤，在7月到8月份氣温35℃以上時，用透明吸熱薄膜覆蓋好，土壤中温度可升到50℃～60℃，密封15～20天，以殺死土壤中各種病（菌）蟲（卵）等。
種子處理法。種子處理是防治種子帶毒的主要方法之一。病蟲常潛伏或混雜在蔬菜種子裏，在播種前進行種子處理，可控制部分病蟲害的傳播，比較常用的種子處理可採用温燙浸種和藥劑處理。①温燙浸種(蔬菜種子)一般用50℃～60℃的温水浸泡5～15分鐘，浸種時要不斷攪拌，使種子受熱均勻。②藥劑處理可用75%百菌清可濕性粉劑（拌種用藥量為種子重量的0.2%），或50%克菌丹可濕性粉劑（拌種用藥量為種子重量的0.2%），或70%代森錳鋅可濕性粉劑（拌種用藥量為種子重量的0.2～0.3%），也可用種50%多菌靈可濕性粉劑（拌種用藥量為種子重量的0．3%～0．4%）等。
高温悶棚法。這是設施栽培條件下殺滅病蟲的有效方法，其中有：①苗前悶棚。大棚建成後，選擇在晴天蓋上棚膜，密閉悶棚7～10天，使棚內温度達到60℃以上，以殺死土表及牆體上的病菌孢子及蟲卵，降低病蟲害損失。②帶苗悶棚。帶苗悶棚前幾天，應澆一次透水，進行一次田間清理。摘除病葉及老葉，並將其帶出棚外，噴一次保護劑，輔助悶棚。並選擇晴天中午，將大棚密閉，使棚內氣温升至42℃～45℃，保持2小時。處理完畢後，通風口不可猛然放大，要緩緩降温，並加強管理。每次處理相隔至少7～10天時間。要嚴格控制好温度，若棚温低於42℃，則抑制病菌的效果不好，高於45℃，植株容易受傷。
噴藥防治法。科學合理用藥，是病蟲綜合防治的重要手段，其技術要點是：①要根據病蟲害發生種類，選擇合適的農藥；②要根據病蟲害的發生危害規律，嚴格掌握最佳防治適期和最佳用藥量，做到適時、適量用藥；③需要重複用藥時，要注意輪換、交替使用農藥，以防止病蟲產生抗藥性；④在防控多種病蟲害同時發生時，要採取科學混合用藥的方法，以達到一藥多效的目的；⑤要根據天氣變化，靈活選用農藥劑型和施藥方法等。⑥嚴格掌握各種農藥的安全間隔期，即蔬菜採收前的停藥時間，謹防農藥中毒。
