貯藏生薑多采取地窖貯存和冷庫貯存兩種辦法。不少姜農建有自己的姜窖，主要形式有土井、土窖、山洞、磚窖。為防止病菌侵染，首先應對生薑進行嚴格的挑選，凡用於貯藏的生薑應選擇大小整齊、質量好、無病害的健壯姜塊，剔除受凍、受傷、乾癟、有病和受雨淋的姜塊。貯藏初期因姜塊呼吸旺盛，窖內温度較高，不要馬上將窖口完全封閉，要保持一個階段的通風。
黴菌病致使生薑表面產生一層黑斑塊或爛皮，在塊莖受傷、環境適宜的情況下特別容易發生。隨着病情的發展，白黴菌和黑黴菌逐漸向塊莖內滲透。防治方法：提前搞好貯藏窖的消毒，目前常用的消毒方法是煙燻和窖內撒施一定量的生石灰兩種方法，簡單易行，效果都很好。
生薑蟲害主要是異型眼蕈蚊。調查發現，因廣大農户在收穫生薑時比較匆忙，姜塊表面殘留的部分泥土可能攜帶異型眼蕈蚊，另外，生薑入窖的方式落後，貯藏生薑的處理方式簡單，使得井窖中異型眼蕈蚊的發生較重。在井窖中，由於其常年温度都在15℃-20℃，適宜於異型眼蕈蚊的發生。其幼蟲蛀咬姜塊，進而導致患部腐爛，失去商品價值。防治方法：首先要做到在田間及時發現並剷除受異型眼蕈蚊為害的植株，避免收穫時將其帶入井窖；二是提前做好井窖的清潔和噴灑消毒工作。可用1.8%阿維菌素乳油兑水15公斤，均勻噴灑在井窖內的細沙及牆壁上，濕潤即可。另外還要注意姜塊的入窖排列方式，以一層姜一層細沙為宜。三是待姜塊入窖完畢後，要封死窖口，防止成蟲飛入產卵。
另外，生薑貯藏期間要防止冷害。貯藏期間由於冷熱不均，通風不當，冷空氣突然進入貯藏室，易使生薑受凍。受冷害後的生薑易出水，很快就變質腐爛。方法：注意天氣的變化，加強防凍保暖措施。最低氣温下降到8℃左右時，在姜窖上面蓋草苫進行保温，開始蓋5-7釐米厚，以後隨温度的下降逐漸加厚，最後蓋上泥土，保證生薑安然過冬。
