栽培辣椒可進行輪作，若能水旱輪作更好，這樣可大大減少辣椒軟腐病病害的發生。栽培管理：清除田間病株或病殘體，再進行深耕曬田，同時要帶足底肥和及時追肥。在辣椒生長過程中，要採用小水勤澆，切勿大水澆灌。
病菌主要藉助灌溉水及雨水濺射傳播，其次藉助蛀果害蟲(如煙青蟲等)傳播，從傷口侵入致病。植地連作、低窪潮濕、陰雨天多、蛀果害蟲多等，易誘發本病。注意防治好煙青蟲等蛀果害蟲，可減輕發病。在噴藥保護上，在門椒坐果後的整個結果期，結合防治疫病、炭疽病等真菌病害加入鏈黴素或新植黴素或可殺得等殺細菌藥劑，進行病害兼治。
辣椒出現軟腐病之後，可以使用14%絡氨銅水劑300倍液、77%氫氧化銅可濕性微粒粉劑500倍液、50%琥膠肥酸銅可濕性粉劑500倍液、72%農用鏈黴素可溶性粉劑4000倍液、新植黴素4000倍液等藥劑治療。除了這些藥劑之外，還需要噴1.8%阿維菌素來防治害蟲，也能緩解病情。
1、輪作：與非茄科及十字花科蔬菜進行3年以上輪作，培育壯苗，適時定植，合理密植，注意通風，進行地膜覆蓋，雨後及時排除田間積水，降低空氣濕度。及時摘除病果拿出田外深埋，減少田間的再侵染源。2、防蟲：用2.5%功夫乳油5000倍液、4.5%高效氯氰菊酯3000~3500倍液、2.5%溴氰菊酯2000倍液、20%氰戊菊酯2000倍液等藥劑任選一種噴霧。3、防病：初發病害與雨後選用50%dt殺菌劑500倍液或72%農用鏈黴素可溶性粉劑4000倍液任選一種噴霧。
