土壤藥劑燻蒸是防治根結線蟲和土傳病害的一種有效方法。但也有個別菜農在進行土壤藥劑燻蒸時因方法不當，導致棚室內的病蟲害未能得到有效控制。因此在進行土壤藥劑燻蒸時應注意以下幾點：
1、燻蒸時間要及時。土壤燻蒸要選擇在前茬作物收穫後立即進行效果最好。此時根結線蟲大多聚集在土表，更容易集中殺滅。否則等病蟲害遷移到土壤深層後再進行土壤消毒會降低效果，導致有些病菌僥倖逃脱，來年再次大發生。
2、藥劑選擇要得當。市面上出現的土壤熏蒸劑主要有：溴甲烷、棉隆、氯化苦、二氯丙烯、硫酰氟、威百畝等，這些藥劑都對真菌、細菌、線蟲都具有一定的防除作用，但很多都是劇毒高毒的產品，對人畜不安全，所以建議選擇高效低毒環保的復配型液體土壤燻蒸消毒劑農藥使用，如：地樂爾、阿巴撒等。
3、環境條件要適宜。用土壤熏蒸劑消毒，殺菌（蟲）機理大都是：將化學藥劑施入土壤後由原來的液體或固體變成氣體，氣體在土壤顆粒間擴散，殺死土壤中能引起植物發病的病原有害生物，從而起到防病的效果，因此要求：①土壤的通透性要好。壤燻蒸前將待處理的地塊翻土20－30釐米。②土壤濕度適宜。一般情況下土壤含水量在40%－70%時土壤燻蒸效果最好。③土壤温度合理。理想的温度可使有害生物處於活的狀態，便於熏蒸劑更好地發揮作用。通常理想的土温是15釐米地温15－20℃。
4、燻蒸後要防再傳染。熏蒸劑只是把土壤中現有的病蟲害消滅了，不存在持效期，對再傳入的病蟲害無能為力。燻蒸後很快又發現線蟲等病蟲害的地塊，可能不是沒薰好，而是病蟲害捲土重來再度侵染所致，如苗子帶病蟲。有的則是薰後有雨水衝入帶病蟲的土粒、棚外病蟲隨鞋帶入等，這些都要注意，要儘量切斷線蟲再傳入的渠道。
5、薰後翻土不要過深：如果薰後翻土比薰前翻土深得多，甚至薰前不翻薰後深翻，就會把深層沒薰死的線蟲等病蟲害翻上來。
6、薰後補充有機肥：土壤消毒熏蒸劑不僅將有害生物殺死，也將有益生物殺死，所以消毒過的土壤在施肥方面要增施生物有機肥，補充有益生物的數量。
