由一種線蟲侵染致病。線蟲在栽子、病殘體及土中越冬，病栽子及病苗是傳播的主要媒介，線蟲從栽子芽苗的附着點侵入，沿皮下層及髓向上活動，寄生生活。進入塊莖形成期，線蟲由蔓進入塊莖頂端，並向塊莖縱深發展，線蟲從塊莖、根的自然孔口和傷口侵入寄生，多在塊莖上形成黑褐色斑塊。
山藥黑斑病在整個生長期均可發生，在高濕季節的初秋開始表現症狀，所以在預防山藥黑斑病時還要做好線蟲的防治工作。
黑斑病是由一種短體線蟲引發的病害。該線蟲是一類無色、透明、不分節的無脊椎動物，一般體長1毫米以內，幼蟲在10℃以下停止活動，主要分佈在20釐米深的土層內。
