當百香果幼苗定植成活後，耕種幫種植網建議留1~2條主蔓上架，剪去過多的側枝、側芽。
在第一年，每株留2條側蔓，分向兩側生長，當側蔓長至2米時將側蔓頂端剪除，以促進次生蔓長出，短期內枝蔓就可長滿棚架。
一般靠近主蔓的枝條先結果，建議當果實成熟掉落後，立即修剪至第二至第三節，從其基部萌發的芽可以形成新的結果枝，在冬季最後一批果實採收後，將所有結果枝都從基部剪掉。百香果一級蔓是主要的營養枝，二級、三級蔓是主要的結果枝，培育良好的二級、三級蔓是提高產量的重要措施。
因為百香果忌重剪，過度修剪會使主蔓枯萎，降低產量，嚴重時整株死亡。同時，耕種幫種植網建議在每批次採果後應與去枯枝、病蟲枝、老弱枝、鬱閉枝，可改善光照條件和營養水平，提高產量和品質。
百香果的修剪有冬季修剪和常規修剪兩種。冬季修剪一般安排在2刀中下旬修剪，以主枝為中心，一側留50釐米左右進行修剪，將纏在棚上的枝條、卷鬚全部去除。常規修剪是在採果後將結果枝、痩弱枝、病蟲枝、殘枝及吋剪去，在枝蔓上留2個芽眼；及時抹去架面下主蔓及基部所發出的側芽嫩枝。重剪後馬上萌發出的新梢就能成為很好的結果枝。修剪清園後要加冏棚架，並用護樹大將軍噴施全園，消毒，抑制病菌，以防治莖腐病。
