菌種擴制和栽培過程中都會受到木黴的侵染為害。綠色木黴對環境的適應性很強，所含有的纖維素酶、纖維二糖酶等活性很高，在富含木質素纖維素的基質上極易發生，一旦侵染後生長和發展很快，整個料層呈現一片綠色，且分泌毒素，破壞寄主的菌絲和細胞質，使寄主很快死亡。可謂毀滅性、災難性的病害和雜菌。
靈芝綠色木黴的形態特徵
菌絲纖細無色，具分隔，多分枝。分生孢子梗從菌絲的側枝上生出，對生或互生，一般有2~3次分枝，着生分生孢子的小梗瓶形或錐形。分生孢子多為球形，孢壁具小疣突，綠色或藍綠色。在PDA培養基上菌落初為白絮狀，後為暗綠色。
靈芝綠色木黴發病規律
1、傳播途徑：分生孢子通過氣流、用水、昆蟲等傳播。老菇房、帶菌的工具、原材料是主要的初侵染源。發病後產生的分生孢子，可以多次重複再侵蝕。
2、發生條件：廣泛分佈在自然界中的土壤、空氣和各種有機物中，凡培養料滅菌不徹底或堆制發酵不良均很容易被感染。温度在15~30℃下綠色木黴孢子萌發力最高，菌絲在4~42℃範圍內都能生長，以25~30℃生長最快；高温環境有利於孢子萌發和菌絲生長；喜微酸性環境，但pH升至7以上也不死亡。
種植靈芝防治綠色木黴方法
1、以防為主，做好生產場地的清潔衞生工作，配料需新鮮、足幹，配比需正確，滅菌需徹底。
2、制種時發現污染應棄去重做；栽培袋污染時，輕者可挖去病灶，局部撒石灰粉或殺菌劑，嚴重者應燒燬；段木栽培時局部染菌，用利刀削去發病部分樹皮及木質，塗撒殺菌劑，若污染嚴重分佈較廣，應集中燒燬。
3、拌料時添加0.1%的70%託布津，經高壓滅菌能達到較好的防治效果。
4、多菌靈和豐收純在稀釋400-1500倍範圍內對綠色木黴的抑制效果很好，其次是百菌清，但同樣也抑制了靈芝菌絲的生長，而利用0.35g/L的氫氧化銅既能有效地抑制綠色木黴的生長，同時對靈芝菌絲的生長基本無影響。
5、保證培養室內具有適宜的小氣候，把好菌絲培養關。控制25℃左右的温度、60%-70%的濕度，注意通風換氣，嚴防高温高濕，創造靈芝菌絲生長的最適宜環境條件，促進靈芝菌絲快速生長，迅速佔領整個料面。
