芹菜軟腐病在生長期和貯運期均有可能發病，從而帶來損失。因此在種植中，應實行輪作，併合理密植，加強管理。在發病初期，將病株拔除，使用農用硫酸鏈黴素可濕性粉劑或新植黴素、絡氨銅水劑進行噴施治療。
屬於細菌性病害，可用噻唑鋅等藥劑防治。
發現病株及時清除，並撒入石灰等消毒，並配合噴施新高脂膜800倍液防止病菌擴散；同時根據植保要求噴施針對性藥劑72%農用硫酸鏈黴素可溶性粉劑等噴霧防治，並噴施新高脂膜800倍液增強藥效，提高藥劑有效成分利用率。
發病初期就開始噴灑新高脂膜配合針對性殺蟲劑，每7～10天噴1次，連續噴3～5次，防止病菌滋生，提高防止效果。
