有機蔬菜宜選擇遠離城市及工礦區，無大氣、水源、土壤污染，土壤肥沃、質地砂粘適中，排灌方便，交通便利，有機肥料來源充足的地方種植。
一、清園。一茬蔬菜收穫後，很多病菌附在蔬菜殘枝上散落田間，它進入土壤中，成為下茬蔬菜的浸染源。因此，菜農應在蔬菜生長後期加強病害防治，直接減少藥源基數，並且在每茬蔬菜收穫後，徹底清除田間殘枝敗葉，對易感根系病害的蔬菜還要清除殘根。
二、深耕。深耕的目的是破壞病菌的生存環境。一般要求每收穫後深耕40釐米，藉助自然條件，如低温、太陽紫外線等，殺死一部分土傳病菌。
三、消毒。在夏季蔬菜換茬間隙，深耕後灌足水，蓋上塑料(10175，5.00，0.05%)薄膜進行高温消毒，可使土層10釐米處最高温度達70℃，能夠殺死大量病菌，這是一種簡單，有效的控防辦法。
四、種葱。大葱的根圈能產生抗菌微生物，對病菌能起到抑制作用，從而防止多種蔬菜病害。通過將大葱同蔬菜等作物間作、輪作或混作，能有效的阻止病源菌的繁殖，土壤中已有病源菌的密度下降，從而達到消毒土壤的目的。
五、輪作。合理輪作不但能提高作物本身的抗逆能力，而且能使淺藏在地裏的病源物經過一定的期限後大量減少或喪失侵染能力。蔬菜輪作有兩類：一種是蔬菜與蔬菜之間的輪作，要求根據病源物在土壤中的存活時間，確定同類蔬菜種植的間隔時間；二是蔬菜與糧食作物之間的輪作，如蔬菜與水稻之間的水、旱輪作，效果會更好些。
六、換土。對一些較為固定、品種選擇餘地小而且投資大、效益高的蔬菜設施栽培，如日光温室，可以採用老土按新土的辦法控制土傳病害。換去根層表土，用無毒表土補充。
七、嫁接。針對某些為害嚴重的土傳病，採取高抗或免疫的砧木嫁接，可以控制土傳病的危害。如西瓜嫁接在葫蘆上、黃瓜嫁接在黑籽南瓜上，可以徹底解決枯萎等病的危害。
