塊莖收穫後即使給以發芽的適宜條件，也有一段時間不能發芽，這種現象叫做休眠。它屬於生理性自然休眠，是發育過程中形成的一種對不良環境條件的適應性。
莖塊休眠期的長短與塊莖的耐藏性和播後能否及時出苗有密切關係。休眠期的長短通常以休眠日數來表示，即在適宜的貯藏條件下，塊莖由收穫到幼苗萌發的一段時間的天數。馬鈴薯按休眠期長短大致可分為以下幾類：休眠期短的，1~2個月；休眠期中等的，需2~3個月；休眠期長的，需3個月以上的時間才能萌發。
馬鈴薯的休眠期包括休眠期長短和休眠期強度兩個內容。休眠期強度是指塊莖在休眠期間，以人為催芽方法打破休眠的難易程度。凡是能用化學藥劑或物理刺激等方法催芽處理後容易發芽的品種，説明休眠強度小；反之就大。
塊莖上的芽之所以保持休眠，主要是由於塊莖內產生的一些能抑制芽生長錐的細胞進行分裂和生長的多元酶類的抑制物質，如脱落酸或休眠素，它能抑制α—澱粉酶、蛋白酶和核糖核酸的活性，還有一種β—抑制劑，能抑制塊莖對氧和磷的吸收及抑制澱粉酶的活性。
