葡萄穗軸褐枯病屬真菌性病害，主要為害葡萄果穗幼嫩的穗軸組織，在發病初期會在幼穗的分枝穗軸上產生褐色水浸狀斑點，擴展後會導致穗軸變褐壞死，果粒失水萎蔫或脱落，嚴重影響了葡萄種植產業的發展，因此需採取相應的防治措施，具體防治如下。
(1)降低棚體內空氣濕度：大棚種植葡萄時，如果棚內空氣濕度高，則容易發生葡萄穗軸褐枯病，因此對於葡萄空氣濕度高的大棚，可以通過放風等措施，將大棚葡萄幼果期棚內空氣濕度降到60%左右。
(2)葡萄生長期要選用適合無公害生產的殺菌劑：幼穗至幼果期，每隔7～10天噴1次80%大生M-45可濕性粉劑600～800倍液，連噴2～3次，預防葡萄穗軸褐枯病，由於該藥劑屬保護性殺菌劑，具有低毒、低殘留、安全、無藥害等特點，因此可以放心使用；葡萄穗軸褐枯病發病後可選用具有治療、內吸作用的殺菌劑有：62.25%仙生可濕性粉劑600倍液，該藥劑顆粒細，黏着性強，耐雨水沖刷，持效期長。50%撲海因(異菌脲)可濕性粉劑1000～1200倍液具有觸殺、低毒和一定的治療作用。1.5%多抗黴素可濕性粉劑300～400倍液，該藥劑屬農用抗生素類殺菌劑，低毒，有較好的內吸作用，對人畜作物安全性高，不污染環境。
(3)葡萄芽萌動前對結果母枝噴灑剷除性藥劑，比如説45%代森銨水劑200～300倍液，該藥劑屬有機硫製劑，具有治療、剷除、滲透、保護作用和一定的肥效，對人畜魚低毒，中性至弱鹼性，也可以選用45%晶體石硫合劑40～60倍液、3～4波美度石硫合劑等藥劑，剷除葡萄穗軸褐枯病菌源。
