農業防治選用抗病品種，培育無病種子田，深耕滅茬，清潔田園，減少和控制病菌來源。[2]化學防治藥劑拌種用2.5%咯菌腈種子劑拌種，藥種比例為1:500。用20%克福種衣劑1:50包衣。選噻菌靈種子量0.15%（有效成分）拌種。50%福美雙種子量0.5%拌種。40%拌種靈或拌種雙0.2%拌種。75%萎鏽靈250克拌麥種100千克。50%多菌靈可濕性粉劑150克拌種100千克。
選擇良種，在小區揚花期噴藥防治，遇到陰雨天氣二次防治。
選用抗病品種，培育無病種子田，深耕滅茬，清潔田園，減少和控制病菌來源。
小麥赤黴病防治可以選用耐病品種種植，如蘇麥3號、蘇麥2號等；也可以在播種前用增產菌劑拌種，晾乾後再播種；還可以在揚花初期，每畝用25%氰烯菌酯懸浮劑100-200毫升，或者40%戊唑·咪鮮胺水乳劑20-25毫升進行噴霧防治，每隔7天交替用藥1次。
小麥赤黴病主要靠噴灑農藥防治。
預防為主，綜合防治，在小麥抽穗揚花期噴兩次多菌靈等殺菌劑。
加強田間肥水管理及時防治工作。
選種抗病品種，在小麥抽穂揚花期用多菌靈、戊唑醇等藥劑防治。
最好播種時拌種防治效果比較有效。
以防為主，小麥齊穗噴灑多菌靈、戊唑醇等藥劑防治，間隔7天，再噴灑一次。
