帶菌土壤和宿根病蔗為初侵染源。厚垣孢子借氣流、雨水、灌溉水和昆蟲傳播後落在蔗芽上藏在鱗片間，遇水萌發形成侵染菌絲侵入蔗芽，菌絲經暫時休眠後隨蔗隨蔗芽萌發而恢復活動並隨生長點向上蔓延，生長點受病菌刺激初形成白色鞭狀物至厚垣孢子形成時抽出黑色鞭狀物，產生的厚垣孢子再經媒介傳播落到蔗莖的側芽上，刺激蔗芽萌發，使甘蔗抽出側枝或分櫱並表成鞭狀物。
風水蟲傳播是病菌傳播的主要途徑。
潛伏在蔗芽裏的菌絲和落入土壤中的厚垣孢子成為下一季甘蔗的初侵染源。
甘蔗黑穗病的病菌有不同生理小種。厚垣孢子萌發温限6～36℃，最適25～30℃。當土壤潮濕時，孢子可以48小時內全部萌發；在乾燥土壤中，孢子可存活數月至1年。甘蔗黑穗病主要以厚垣孢子落在甘蔗蔗芽的鱗片後面越冬，也可以在土壤中越冬或萌發後暫呈休眠狀態潛伏在蔗芽中越冬。
帶菌土壤和宿根病蔗為初侵染源。厚垣孢子借氣流、雨水、灌溉水和昆蟲傳播後落在蔗芽上藏在鱗片間，遇水萌發形成侵染菌絲侵入蔗芽，菌絲經暫時休眠後隨蔗隨蔗芽萌發而恢復活動並隨生長點向上蔓延，生長點受病菌刺激初形成白色鞭狀物至厚垣孢子形成時抽出黑色鞭狀物，產生的厚垣孢子再經媒介傳播落到蔗莖的側芽上，刺激蔗芽萌發，使甘蔗抽出側枝或分櫱並表成鞭狀物。潛伏在蔗芽裏的菌絲和落入土壤中的厚垣孢子成為下一季甘蔗的初侵染源。
