菌核病發生的地塊，土壤中殘留了大量的菌核，菌核在土壤中可存活數年，但一般在3a後活力大大降低，所以採用禾本科作物作為向日葵輪作對象進行輪作換茬，能大大降低菌核病的發生概率，輪作的時間越長，效果越好。
向日葵菌核病用菌核淨和抑快淨防治。
向日葵菌核病可以用菌核淨噴霧預防。
輪作倒茬：向日葵連作會造成土壤養分構成比例失調，病蟲害嚴重，空殼率顯着增加而導致減產。故要與禾本科作物輪作2-3年以上。整地選種：耕種前徹底清除病株殘餘，減少菌源。深耕土地，積極保墒，施足基肥。選用優良抗病品種，並用新高脂膜拌種（能驅避地下病蟲，隔離病毒感染，不影響萌發吸脹功能，加強呼吸強度，提高種子發芽率）。按要求適期播種。田間管理：幼苗出土後，要對其根部做新高脂膜處理，促進根系發育，增強抗病能力。根據作物不同生長階段對水肥的需求，科學施肥，合理排灌。在開花前要噴施壯穗靈，強化向日葵生理機能，提高受精、灌漿質量，降低空殼率，提高結實率，增加產量。
