植株莖基部呈黑色腐爛。病害發展由塊莖開始，傳至莖基部，繼而發展到莖上部。匍匐莖和莖部除表皮變色外，橫切莖可見三條主要維管束變為褐色。植株矮化、僵直、葉片黃化、小葉邊緣向上捲曲。發病後期，莖基部變黑腐爛，整個植株萎蔫，甚至倒伏、死亡。在潮濕多雨天氣，病害發展很快，並伴有惡臭味。
馬鈴薯黑脛病從苗期到生育後期均可發病，主要為害植株莖基部和薯塊。
種薯染病腐爛成粘團狀、不發芽或在適宜病菌生長髮育的條件下，種薯萌動出芽後，常引起幼苗在未出土前就病死掉，這種爛芽現象造成明顯的田間斷苗缺壟。幼苗染病一般在株高16cm左右出現症狀，植株矮小，節間短縮，或葉片上卷，褪綠黃化，或脛部變黑，萎蔫而死。薯塊染病始於臍部，呈很小的黑斑。隨着病情加重，呈放射狀向髓部擴展，病部黑褐色，橫切可見維管束亦呈黑褐色，用手壓擠皮肉不分離。
