治療牛焦蟲病的措施有注射貝尼爾每千克體重7毫克，配成7%溶液深部肌肉注射，每日一次，連用3天。春節強制免疫牛焦蟲病疫苗注射。
建議牛焦蟲病春季預防注射焦蟲苗。治療是很麻煩且較慢長複雜的。焦蟲散灌服按説明書操作，貧血補充硫酸亞鐵，強心補液增加體能，苦蔘熬湯灌服，注意避強光照射病牛。綜合臨牀症狀對症治療。
貝尼爾，每公斤體重用3.5－3.8毫克，配成5%—7%溶液深部肌肉注射。輕症1次即可，必要時每天1次，連注2—3次。水牛對此藥較敏感，一般用藥1次較安全，連續使用，易出現毒性反應，甚至死亡；黃牛偶爾出現起卧不安、肌肉震顫等副作用，可很快消失。
感染上牛焦蟲病之後，如果用肌肉注射貝尼爾溶液的話，有可能在注射的24小時內會出現坐立不安或者是肌肉顫抖這些副作用，但是這些副作用不會影響治病的效果，一般情況下這種副作用出現幾小時後就會馬上消失了。
血蟲淨，每千克體重5～7毫克，配成5%溶液肌內注射，每日1次，3次為一個療程。必要時可重複一個療程。消滅蜱和調整改變牛的飼養方式，防止蜱的叮咬吸血。
藥物治療。首先要使用1%馬拉硫磷溶液來殺滅蜱蟲，防止疫情蔓延。接着進行抗血液原蟲，可選擇使用血蟲淨（主要成分是三氮眯）。
血蟲淨，每千克體重5～7毫克，配成5%溶液肌內注射，每日1次，3次為一個療程。必要時可重複一個療程。黃色素，每千克體重3～4毫克（總量不超過2克），生理鹽水配成1%溶液靜脈注射，1～2天后再注射1次。阿卡普林，每千克體重1毫克，配成2%溶液皮下注射（注意可能發生過敏反應）。消滅蜱和調整改變牛的飼養方式，防止蜱的叮咬吸血。
