馬鈴薯用薯塊作為種薯容易得疫病。
薯塊容易感染病菌，腐爛，造成出苗不齊，缺苗斷壟。
馬薯種薯切塊在生產上存在很多不足之處。當播種時土壤條件較差時，比如土壤過幹或潮濕、土壤温度過低或過高，或是種薯本身抗性較差時，切塊的種薯容易腐爛或失水乾縮，造成出苗不整齊，田間缺苗嚴重，最終導致產量降低。種薯切塊時若刀具不消毒會導致許多病毒、細菌性病害通過切刀在種薯間傳播，若傷口不能很快癒合，切面易感染細菌導致腐爛。特別是播種時高温、高濕，容易引起大量爛種，造成田間缺苗嚴重甚至減產。所以在播種時要根據當年土壤墒情和天氣情況合理選擇。
馬鈴薯切塊種植的缺點是容易腐爛，費時又費王。
