有機肥不僅是理想的基肥，也可作為追肥，它是作物生長期間提供養分的主要肥料品種。有機肥料做追肥時應注意以下事項：
提前追有機肥料含有速效養分，但數量有限，大量緩效養分的釋放需要一定的過程，有機肥料做追肥時應提前幾天。
追施高品質的有機肥作物快速生長期間需要大量的氮、鉀等養分，一般有機肥料中氮、鉀養分含量並不高，為保證作物快速生長對養分的需求，要選用氮、鉀養分含量較高的高品質有機肥。
制定合理的基追肥分配比例地温低時，微生物活動弱，有機肥料養分釋放慢，可以把施用量的大部分作為基肥施用；而地温高時，微生物分解能力強，如果基肥用量太多，定植前，肥料被微生物過度分解，定植後，立即發揮肥效，有時可能造成作物徒長。所以，高温條件下栽培作物，最好減少基肥施用量，增加追肥用量。
育苗要適量作物幼苗對養分需要量小，但養分不足不能形成壯苗，既不利於移栽，也不利於以後作物生長。充分腐熟的有機肥料，養分釋放均勻，養分全面，是育苗的理想肥料。一般以發酵充分的發酵有機肥料加入一定量的草碳、蛭石或珍珠巖，用土混合均勻做育苗基質使用，有機肥的用量不能超過營養土總重量的10%。
